A、蛋白质千差万别，但肽键的结构相同，A错误；
B、在生物体中组成蛋白质的氨基酸种类和数量不同，是蛋白质千差万别的原因之一，B正确；
C、氨基酸的数目成百上千，形成肽链时，不同种类的氨基酸排列顺序千变万化，C正确；
D、多肽链形成蛋白质的空间结构千差万别，D正确．
故选：A．
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