一、原料材质有差别
1、种类：黄酒的主要原料为糯米，清酒则为大米。
2、品质：黄酒酿造所用的糯米一般是普通糯米，甚至普通人家都能制作，而清酒更为讲究，必须选用专门的“酒造好适米”（适合酿造清酒的米），这种大米颗粒饱满，品质优异，但价格比普通大米贵3-7倍。
3、优劣势：酒造好适米外硬内软，易于蒸煮，米粒大，还有不透明的富含淀粉的心白，易于糖化，而且它的脂肪和蛋白质含量不高，吸水性能好，这是普通食用米不具备的优势。
二、水质不同
一瓶普通的清酒，有8成是水，而在酿制米酒过程中，所使用的水总和是米重量的50多倍，所以水质对酒的影响极大。
据了解，日本大部分清酒厂都位于优质水源充足的附近，比如说河水、泉水和井水。
日本最出名的水源为：宫水、御香水、伏流水。这三条水源的地位几乎等同于我国的赤水河长江流域。
我国对赤水河进行全方位的生态环境保护，水质每年都会进行专业的检测，日本同样如此。水为酒之血，日本人也是明白的。
反观我国的黄酒，有些地区对水质没有过多的讲究，水质检验较为马虎，酿出的酒品质自然参差不齐，当然不是贬低，也有很多认真在做黄酒的厂家。
三、发酵剂不同
清酒被誉为日本的“国酒”，各方面都要坚固的，而发酵剂是酒形成的关键过程，酒质香味如何都需要经过这一步转化，而发酵剂的品种数量和质量决定了酒的香味馥郁程度。
为此，日本成立了专门的酿造协会，到现在已经有上百年的历史，期间收集了日本全国各地的优质酵母菌种，清酒的酵母便来自此协会，所以也叫“协会酵母”。
而国内的黄酒所使用的酵母就比较普通，主要是用来发酵，并没有像日本这样做大量的研究，自酿黄酒更是没有这么多讲究，能出酒就行，酵母是大街上都能买得到的。
四、香气和口感不同
一般的黄酒通常仅有淡淡的米香味，香味成分比较单薄，很难联想到果香和植物芳香。
而清酒的香气成分复杂得多，米香是基础，还有花果香、菌菇香、坚果香、乳香等香气成分（工艺不同，香气成分不同），香气更为馥郁。
清酒的口感有辛口、甘口之分，而黄酒大多是甜口。