1994年，深圳红钻足球俱乐部由容志行、曾雪麟等人努力下在1月26日正式挂牌组建，是一家会员制职业足球俱乐部，是广东省最早成立的职业足球俱乐部之一，以“国内领先、亚洲一流、世界知名”为俱乐部的目标。球队成立当年在俱乐部首任主教练胡之刚的带领下，即获得乙级联赛冠军。
1995年，升入甲B联赛并获得当年冠军。
1996年，于成立第三年升入当时的中国足球顶级联赛甲A联赛，创造了中国足坛一支球队从成立到进入顶级联赛的最快纪录，凭借“三连跳”的表现创下了足球圈内的深圳速度。但球队于同年因战绩不佳重新降入甲B。 1997年，平安保险集团全资收购深圳足球俱乐部，俱乐部冠名为深圳平安，获得甲B联赛亚军，重新得到甲A联赛晋级资格，从此一直留在顶级联赛中。
1998年，俱乐部聘请了亚洲足坛名宿、韩国人车范根担任主教练，车范根是俱乐部首位外籍主教练。1998年底收购火车头一线队22名队员中的14名队员，其中包括李玮锋及李毅、鲍文杰、杨光等人。
2000年，5月朱广沪接替巴西人塔瓦雷斯成为深圳足球队的主教练，获甲A联赛第九名。
2001年，在主教练朱广沪的带领下，球队获得了联赛第五名，在此后的数年间深圳足球队成为了中国足球联赛的强队之一。 2002年，获得了联赛亚军，这是球队在甲A时代的最佳成绩。12月，健力宝集团全资收购深圳足球俱乐部。
2003年，俱乐部更名为深圳健力宝足球俱乐部。拥有李玮锋、李毅、杨晨、郑智、郑斌等国脚，成为当时拥有现役国脚最多的球队，加上阵中多名外援国脚和本土实力球员，被球迷称作“皇家健力宝”。
2004年夺得了首个联赛冠军，成为首支夺得顶级联赛冠军的广东省球队，并且获得了参加2005年亚洲冠军联赛的资格。由于2004年甲A联赛变身中国足球超级联赛（简称“中超”），深圳队也成为了首届中超冠军。
2005年，球队财政状况不佳，再加上在队中地位颇高的主教练朱广沪被离开球队担当国家队主教练，引致队内一批主力球员出走，球队实力大受影响。结果在联赛中仅列第12名。即便处境艰难，球队依旧在杯赛中打出了坚韧不屈的深足精神，获得中超杯亚军，亚洲冠军联赛第三名，创造了深足神话。11月，健力宝集团转让深足90%的股权。 2006年，球队获一家深圳本地知名啤酒企业出资冠名为深圳足球俱乐部金威啤酒队，这个赛季聘请了王宝山担任主教练，开始以年青球员为主力，最终以第十一名完成中超。
2007年，球队获一家广州企业赞助，而更名为深圳香雪上清饮足球俱乐部，最终以第十四名完成中超。
2008年，深圳队几乎面临解散最终通过深圳市足协托管而保留下来，在首轮比赛中，深圳队客战上海申花，最终以0-2失利，在次轮4月1日次对阵广州医药的南粤德比比赛前，俱乐部宣布麦超下课，原领队张增群出任代理主帅。7月底请回了前主教练王宝山担任技术顾问，中超保级成功。另外，自深圳队创队后便一直使用的训练基地――笔架山基地要改造成2011年世界大学生运动会的训练场馆，基地被拆除重建，故深圳队也搬离这里。 2009年，红钻集团收购深足全部股份，成为第一支尝试实现自创品牌、自主经营的中国职业足球俱乐部。球队在联赛最后10轮取得的不败战绩，完成了保级。
2010年，前贝尔格莱德红星队主教练高歌奇与俱乐部正式签约，成为深足的主教练。5月15日，茅台集团正式成为主冠名商，球队冠名为深圳茅台红钻队。球队最终排名第12位保级成功。外援基伦14场进8球帮助深足完成保级，成为队内最佳射手，日夫科维奇则以10个助攻荣获中超助攻王。
2011年，外号“白巫师”的法国名帅特鲁西埃成为球队的主教练。球队签下了日本球员卷诚一郎和乐山孝志两名日本球员，中超联赛史上首次出现日本外援。主教练仓卒上任，球队在联赛一开始就五连败，因要让路大运会，深圳队要将大部分主场比赛迁到惠州和博罗体育中心进行,球队经常要在惠州和深圳两个城市往返。在大运会结束后，深圳队选择宝安体育场为球队的新主场。最终球队由于战绩不佳在顶级联赛屹立14年后首度降级。
2012年，深圳红钻自1996年以来第一次征战中国第二级别职业足球联赛。在赛季开始前，球队阵容结构出现较大幅度变动，因球队阵容变动较大，在2012年中甲联赛中，仅取得第七名的成绩，未能实现俱乐部赛季开始前制定的重返冲超目标。
2013年，深圳红钻队主场取得11胜2平2负的骄人战绩，外援巴巴卡表现出色，连续两年荣获最佳射手，球队最终排名第五。赛季末，小牛投资冠名深圳红钻，新赛季球队将以深圳小牛资本红钻队征战中甲联赛，与此同时，前国足队员李毅接替合约期满的特鲁西埃成为球队代理主教练。
2014年2月28日，深圳小牛资本红钻队宣布2014赛季转会一览，外援方面引进巴西前锋布鲁诺、意大利后卫朱塞佩，内援方面则引进高梵、韦键、王子华、陈国龙、牟善韬，以及从浙江绿城租借牛秀程。在球员转出方面，张世昌转会至广州富力，丁海峰和张天龙转会至辽宁宏运，陈柏良和罗希以自由球员身份转会上海申花，李佳奇转会至贵州智诚、耶和亚转会去了新疆博格达，迪力木拉提则前往西亚球队欧鲁巴效力，乐山孝志因合同到期宣布退役，加瓦农则自由转会离开。
2014年7月15日，2014中国足协杯第三轮，遭遇欠薪危机的深圳红钻在主场迎来山东鲁能的挑战，比赛中深足多人受伤离场，一度场上只有8人作战。比赛末端鲁能放弃进攻，但红钻仍以0-5惨败。