主线：
1云霄飞车杀人事件（Gin&Vodka初次登场，让新缩小变成了柯南）
2董事长千金绑架事件（阿笠博士知道柯南身份，工藤新一化名江户川柯南，转入帝丹小学。）
4大都会暗号地图事件(少年侦探团成立)
13奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美被警察逮捕）
43江户川柯南诱拐事件(工藤夫妇得知柯南身份。)
48-49外交官杀人事件（服部平次登场,新一第一次回复）
52雾天狗传说杀人事件（柯南得知了琴酒和伏特加的代号）54电玩公司杀人事件（Tequila登场,被炸死）
57-58福尔摩斯迷杀人事件(服部发现柯南身份）
128黑衣组织十亿元抢劫事件（宫野明美被组织杀害）
129来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件（灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是APTX4869）
170-171黑暗中的死角（新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。新出正式登场）
176-178与黑衣组织的再会（灰原解释了APTX4869原来是细胞程序性死亡。Vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。灰原第一次恢复）
188-193危命的复活（新一第二次恢复）
226-227格斗游戏的陷阱（茱蒂首次登场并与柯南相识，并看见他借助园子破案。）
230-231神秘的乘客（Vermouth再次露面，假扮新出与灰原同车。赤井秀一出场）
242元太的灾难（灰原哀提到琴酒是左撇子。）
253-254本厅刑事恋爱物语4（新出医生（贝尔摩得假扮）可能发现了柯南分析案情并利用变声器。）
258-259来自芝加哥的男子（詹姆斯·布莱克登场）
269-270犯罪的遗物（贝尔摩得偷走与毛利小五郎相关案卷，为了解新出的案子，并把FBI的注意力转向毛利，片尾赤井秀一监视侦探事务所，贝尔摩得计划得逞）
271-272隐藏匆忙中的省略（茱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI；在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；在故事结尾贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
277-278英语教师VS西部名侦探（柯南基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里丝，并与服部平次一起去茱蒂公寓试探，未果。在最后茱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。）
286-288工藤新一NY事件（兰和新一救了Vermouth假扮的银发杀人魔。毛利兰初见赤井秀一）
289-290光彦森林迷失记（灰原透露沼渊己一郎是组织成员）
307-308遗留的无声证言(小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记)
309-311与黑衣组织的接触（黑衣组织再度出场，柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。）
329-330金钱买不到的友情(阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。)
335-336东都现象所的秘密(赤井秀一跟踪柯南和灰原，最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识)
338-339四台保时捷（博士借茱蒂的车将灰原送回了家，并找来新出医生给感冒发烧的灰原看病。Vermouth和茱蒂都发现灰原住处）
340-341厕所里隐藏的秘密（灰原在父亲好友的设计所厕所里发现了姐姐留给自已的录音带。贝尔摩德在博士家安装窃听器，之后贝尔摩德打电话找组织成员“卡尔多瓦斯”来帮忙，正策划着某项行动。）
343-344便利商店的陷阱（茱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务，不过在兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片）
345与黑衣组织的直面对决满月之夜的二元推理（vermouth，茱蒂等人身份揭露，vermouth放弃追捕雪莉，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。）
346-347寻找屁股上的印记（灰原哀拒绝了证人保护计划。）
361-362帝丹高中校园灵异事件（真正的新出医生回归。）
374-375星星和香烟的暗号（山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（柯南知道boss的邮箱号，为七个孩子）
394-396奇异屋宇大冒险（柯南已经得知boss的手机号）
425黑色冲击！黑衣组织的魔爪伸来的瞬间（Kir、Chianti、Korn登场。黑衣组织的杀人计划遭到FBI和柯南阻止，Kir受伤昏迷，被FBI捕获。）
429-430无法回头的二人（本堂瑛祐登场。）
462-465黑衣组织的影子（柯南注意到贝尔摩德去水无怜奈出事的目击者家询问，本堂瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查）
484-485黑色照片的去向（柯南和灰原哀进行调查，得到一张本堂瑛祐父亲的照片）
491-504红与黑的碰撞（小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑衣组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈就是本堂瑛海，代替被杀的父亲成为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。）
507-508卡拉OK包房的死角（本堂瑛祐知道柯南身份，打算离开日本，柯南对赤井秀一已死的举动奇怪。）
509红白黄色与侦探团F/C（水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。冲矢昴登场，搬进工藤新一的房子。）
510柯南VS双重暗号之谜
511推理对决！新一VS冲矢昴（柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。）
521杀人犯工藤新一
522新一的真实身份与小兰的眼泪
523真正想问的事（新一第三次恢复）
542-543鱼儿消失的一角岩（灰原哀再次感到冲矢昴的压迫感。）
563-564侦探团VS劫匪团（脸上带着烧伤的伤疤、疑似赤井秀一的人出现，右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。）
578召唤危机的红色前兆
579黑色与13的暗示
580逼近的黑之时限
581摇曳的红色目标（疑似赤井秀一的人再度出现，同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条，此时冲矢昴也在商场，首次见到了伤疤男，说的话意味深长。伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴酒以及基安蒂等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昴也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。）
616-621福尔摩斯的默示录（新一第四次恢复，并向兰告白。工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。）
622-623紧急事态252（阿笠博士被绑架，片尾灰原哀再次对冲矢昴表示强烈怀疑。）
646-647幽灵旅馆的推理对决（世良真纯登场）
651柯南VS平次东西侦探推理对决（茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。）
656-657博士的视频网站（世良看到博士视频中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。）
667-668婚礼前夜（安室透登场，成为小五郎弟子。）
671-674侦探们的夜想曲（冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。Vermouth给波本打电话，安室透，冲矢昴，世良真纯同时接到电话）
675-676一丁点都不原谅(灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。世良真纯对工藤新一似乎早有了解，对灰原哀表现出兴趣，并关注伤疤秀一)
681-683以性命为赌注的恋爱转播（结尾处安室透为高木的指导警官伊达扫墓，暗示两人曾是朋友)
684-685泡沫、蒸汽和香烟（灰原的举动和二人对话表示，冲矢的颈部隐藏着某个秘密）
690-691工藤优作未解决的事件（冲矢昴举止可疑，世良在房间中发现了女性线索，最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”）
699-700逼近灰原秘密的黑影（侦探团被困，灰原迫不得已服解药恢复身体，被光彦拍下视频，被世良、安室、冲矢看到。）
701-704漆黑的特快列车（世良真纯，安室透身份揭晓。黑衣组织再次出场，目标雪莉。怪盗基德受柯南所托假扮宫野志保进入最后一节车厢，车厢脱落后，贝尔摩德引爆炸药，基德乘滑翔翼逃走。后贝尔摩德发现Sherry没死但未向组织报告。安室透对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。）
705密室中的柯南（波本继续以安室透的身份出现）
706在波本面前解谜（波本发现柯南使用手表型麻醉针，对其产生兴趣，并怀疑“沉睡的小五郎”与柯南之间的联系）
722-723香甜冰冷的快递（安室透解开了柯南的求救暗号救出了被困在冷冻快递车里的少年侦探团，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。）
724-725怪盗基德与赤面人鱼（世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”，言语间透露出这顶帽子对她的重要性和对认为“已去世”的哥哥秀一的思念。）
727-728装满水果的宝箱（柯南问世良：“你该不会和我（在哪里见过）……”，但由于发现尸体而打断。小兰在看着世良匆匆跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并对园子说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。案件结束后柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并在心里想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”）