1. 成为了琴酒的系统
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系) 170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。） 287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。) 330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑） 345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光） 346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场)
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功）
值得一提的是，005在漫画版中与TV版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而TV版却改成了两个长相相似的人，后来动画版052(片头介绍了琴酒和伏特加，最早不是054）中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的，接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕。这段剧情像极了动画版128集，可以说128集是一个补丁，但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到了第128集却变成了只有柯南认识广田雅美，而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。
2. 成为了琴酒的系统漫画
gin意思是琴酒的意思，琴酒很帅，叫这个网名就是觉得自己很帅。琴酒，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的角色。黑衣组织的重要成员。
身穿黑色风衣，留着银色（早期动画为金色）长发，脸总被帽子和刘海半遮掩着，性格冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织叛徒的任务，是给工藤新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首，亦是柯南所面对的主要敌人之一。
3. 我成为了琴酒的弟弟
、4869
这个数字粉丝的热爱程度是相当高了，许多人用它作为昵称、密码，多年不变，爱得十分深沉
在小兰的满腹疑惑这集中，因为怀疑柯南就是新一，捡到了柯南故意留下的手机，解锁密码就是4869
取的就是日语发音中“夏洛克”的谐音，同时新一变小时服下的药水也叫APTX4869，一切因此而开始
黑衣组织琴酒的车牌号也曾经是4869，不过后来改为了4368
数字发音有谐音，人名发音也有谐音，所以柯南中角色的名字也大有意义，比如阿笠博士就来自推理小说家阿加莎·克里斯蒂
2、1412
许多快新党应该会比较钟情这个数字，甚至因为新一、快斗两人极为相似的外貌，还有两人是兄弟的说法
但相似只是青山的设定罢了，再就是因为当年工藤优作将1412看成了KID（基德），间接的给盗一命名
所以黑羽盗一因这层关系曾自称是工藤优作的弟弟
3、1124
在上一代的爱情故事里，工藤夫妇是甜，毛利夫妇是傲娇，而阿笠博士更多的是可惜
银杏树下的约定，四十年的等待，却因为一个美丽的误会，阿笠博士和芙莎绘两人再次错过，但这个约定将继续下去
银杏树下地址信息也是数字解开的哦（4163、33、6、0），1124就是银杏树下的约定之日，芙莎绘的车牌号也是1124，也算一个小细节了
4、1202
车牌号这个常常被人忽视的地方，没想到却有不少信息，青山真的很喜欢设计这个小细节了
4. 变成琴酒的小说
是小说《ifyouarethelight》。
工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，被击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩。一天，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。
5. 当我成为琴酒的弟
穿越成柯南弟弟的小说，推荐如下
《穿越——柯南の弟弟》
作 者：伪笑丶静候轮回
内容简介
欧阳涵雅 女 17岁 一个在3次元空间活的不耐烦的高中生在放假的时候 偶遇2次元空间之神 被空间之神选上 得到了十年一次的穿越机会 2次元空间之神给了她3个愿望……
《柯南之我真的只想当咸鱼啊》
作者：睡着也吃瓜
内容简介
穿越名侦探柯南的世界，成为工藤新一的双胞胎弟弟，工藤御真。 工藤御真只想躺平做一条咸鱼，等待黑衣组最终boss出来，结果刚上高中就提前被美国哈佛大学录取。 打篮球技术太好，国家队来招人。 前世的黑客技术让他在黑客界被称为神，甚至黑衣组都发出邀请让他加入。 去练空手道，与京极真难分高低。 练各种乐器被称为日本最优秀的年轻音乐家。 通过网络联系黑羽快斗，和他组成怪盗团，闲暇时一起去世界各地。 可去一次游乐园就刚好撞见工藤新一被下药，自己也被琴酒偷袭下药成为难兄难弟。
6. 成为了琴酒的系统小说
小说是《真酒美人》。
文案：明日香霖是酒厂的打杂新人，头脑不太灵光，笨手笨脚，他每天的工作就是给拥有酒名的大人们端茶倒水加跑腿有一次上厕所，出来竟然碰巧遇见了组织中最可怕、最冷血无情的琴酒大人！他急忙准备走开。
7. 当琴酒成为fbi
下面逐一介绍名侦探柯南中的间谍
首先是那位先生Boss
黑衣组织首领， 乌丸莲耶是一名富翁，黄昏别馆之主。别墅里的大门、地板、扶手、客厅里的国际象棋、扑克牌都是他特别订做的。千间降代称其在40年前“已年过百岁”，40年前“已经死亡”
2.朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
朗姆酒，是以甘蔗糖蜜为原料生产的一种蒸馏酒，也称为糖酒、兰姆酒、蓝姆酒。原产地在古巴，口感甜润、芬芳馥郁。朗姆酒是用甘蔗压出来的糖汁，经过发酵、蒸馏而成。
3.琴酒Gin
黑衣组织重要成员，冷酷残忍，经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，是给新一灌药的罪魁祸首。
琴酒又名叫杜松子酒（geneva）或金酒，最先由荷兰生产，在英国大量生产后闻名于世，是世界第一大类的烈酒。金酒按口味风格又可分为辣味金酒、老汤姆金酒和果味金酒
4.苦艾酒
贝尔摩德Vermouth，黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体原因至今不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一（第一代怪盗基德，基德的父亲）门下学习易容，成为朋友。曾易容为杀人魔后，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹”，称呼小兰“angel（天使）”。
苦艾酒是一种有茴芹茴香味的高酒精度酒，主要原料是茴芹， 茴香及苦艾 (wormwood) 药草（即洋艾 (Artemisia absinthium)）这三样经常被称作「圣三一」。此酒芳香浓郁，口感清淡而略带苦味，并含有45度以上高酒精度。
5.黑麦威士忌Rye（脱离组织）
FBI卧底，真名赤井秀一，化名诸星大。身份暴露导致女友宫野明美被琴酒杀害，假死后暗中保护明美的妹妹灰原哀，被组织内部称为“银色子弹”
黑麦威士忌也称裸麦威士忌，是用不得少于51%的黑麦及其它谷物酿制而成的，酒液呈琥珀色，味道与波本威士忌不同，具有较为浓郁的口感，因此不太受现代人的喜爱。
6.波本Bourbon
日本公安卧底，本名降谷零，化名安室透，表面职业为私家侦探、咖啡厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。
波本威士忌又作波旁威士忌，是用51一75%的玉米谷物发酵蒸馏而成的威士忌，在新的内壁经烘炙的白橡木桶中陈酿4~8年，酒液呈琥珀色，原体香味浓郁，口感醇厚绵柔，回味悠长，酒度为43.5度。
7.基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
基尔酒是一种著名的法国鸡尾酒，由白葡萄酒与黑醋栗果酒（crème de cassis）混合而成。基尔酒源自勃艮地地区。常作为开胃酒饮用。
8.雪莉Sherry（脱离组织）
老婆！黑衣组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。真名宫野志保，姐姐宫野明美受害后反抗组织，被囚禁时服药导致身体幼年化，化名灰原哀，寄宿阿笠博士家。
雪莉酒曾被莎士比亚比喻作「装在瓶子里的西班牙阳光」，可想而知它将带给我们如西班牙阳光般灿烂的欢愉感受，然而若无神奇的Flor与索雷拉（Solera）系统，雪莉酒将只是平淡无奇的白葡萄酒。在西班牙南部安达鲁西亚地方（Andalucia ），面向卡堤兹海湾之处，就是雪莉酒的出产地。
9.伏特加Vodka
黑衣组织重要成员，头脑简单，完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥。
伏特加酒是俄罗斯的传统酒精饮料；伏特加酒以谷物或马铃薯为原料，经过蒸馏制成高达95度的酒精，再用蒸馏水淡化至40度到60度，并经过活性炭过滤，使酒质更加晶莹澄澈，无色且清淡爽口，使人感到不甜、不苦、不涩，只有烈焰般的刺激，形成伏特加酒独具一格的特色。因此，在各种调制鸡尾酒的基酒之中，伏特加酒是最具有灵活性、适应性和变通性的一种酒。
10.卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和来福枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
卡尔瓦多斯酒（Calvados）是种以苹果为原料所做出来的白兰地，法国下诺曼底大区卡尔瓦多斯省（法文：Calvados）的特产酒。
11.基安蒂 Chianti
黑衣组织中的狙击手，实力强劲，性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
基安蒂酒（Chianti）是一种意大利基安蒂地区的世界驰名的红葡萄酒，据说是十九世纪的一位男爵忽发灵想，把此地的几种葡萄混合发明出来后来就名扬世界的红酒。
12.科恩 Korn
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，技术出众。性格冷酷，同样讨厌贝尔摩德。
科恩酒是将谷物压碎后用酵母和水发酵，反复蒸馏而成，口味自然。与伏特加的不同点在与筛选并不严格，从而可以使用更多的谷物来进行酿造。
13.皮斯克 Pisco（死亡）
枡山宪三，黑衣组织元老级成员，与Boss关系密切。他和宫野厚司、宫野艾莲娜交情深厚，了解到一些开发中的药物的情况，并对宫野志保幼年外貌有印象暗杀政要任务失败，在Boss的要求下被琴酒灭口。
是秘鲁流行的一种由葡萄蒸馏酿制而成的烈性酒，在世界上知名度很高，堪称秘鲁的国酒。
14.龙舌兰Tequila（死亡）
关西口音的大汉，在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子被误炸而死。
龙舌兰酒是墨西哥的国酒，被称为墨西哥的灵魂，是在墨西哥开奥运会时，开始变得为世界所知的。该酒是以龙舌兰（agave）为原料经过蒸馏制作而成的一款蒸馏酒。
15.爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
爱尔兰威士忌是指以经过蒸馏所制造的威士忌。爱尔兰可以说是威士忌的发源地，最早是从修道院里流传到民间的蒸馏术，在英王亨利八世宣布开始课征重税之前，一度曾是爱尔兰毎个山野乡林必备的民生工业。爱尔兰威士忌比它优秀的苏格兰后继更早在英格兰地区流行。
16.库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
库拉索酒是产于荷属库拉索群岛的一种酒，味微苦但十分爽适。 但是能与伏特加混搭 会导致神经衰弱。
17.伊森·本堂（死亡）
CIA卧底， 4年前为了保护女儿水无怜奈的卧底身份不暴露而选择自杀。
18.苏格兰威士忌Scotch（死亡）
日本公安卧底，安室透的同事，身份暴露后自杀。
苏格兰威士忌色泽棕黄带红，清澈透明，气味焦香，带有一定的烟熏味，具有浓厚的苏格兰乡土气息。苏格兰威士忌具有口感干冽、醇厚、劲足、圆润、绵柔的特点，是世界上最好的威士忌酒之一。
19.宫野明美（死亡）
黑衣组织的基层成员，被迫加入组织。灰原哀的亲姐姐，为了自己和妹妹能够脱离组织，完成组织任务后被琴酒杀害。
20.朱奈瑞克Generic（脱离组织）
黑衣组织中的科学家，灰原的旧同事。开发出删改记忆的药物，打算把灰原变成自己家人，结果使自己丧失记忆，后被普通家庭收养过上正常人的生活。漫画特别篇出现，不为原作。
21.冈仓政明（死亡）
第13部剧场版《漆黑的追踪者》中的原创角色，黑衣组织派出的间谍（NOC）。擅自将黑衣组织所有NOC成员的名单拷贝到SD卡上并随身携带，因而成为黑衣组织的暗杀对象。但在被黑衣组织铲除之前，就因卷入了一起麻将牌连续杀人案，被本上和树杀害。
22.原佳明（死亡）
黑衣组织的外围人员，日本的游戏工程师。因为入侵黑衣组织电脑而被GIN所杀害。但死前留下了信息，从而柯南得知他与组织有关。初登场:第五部剧场版——通往天国的倒计时
23.宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，灰原哀的父亲，与妻子艾莲娜一起进行神秘研究，并一同“意外死亡”。
24.宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，灰原哀的母亲，生前对自己的死亡有所察觉，给幼女灰原哀留下了线索。
25.楠田陆道（死亡）
黑衣组织基层成员，为了寻找失踪的基尔而被组织安排装病住进杯户中央医院进行秘密调查的眼线，调查任务中被赤井秀一发现而驾车逃亡，途中自杀。
26.沼渊己一郎（被捕）
黑衣组织培养的杀手，后被作为药物实验对象。逃跑后制造了连环杀人案，被逮捕并判处死刑。
27.阿拉克Arak（死亡）
黑衣组织的职业杀手，暗杀帕纳苏格拉国公主失败，被捕时服毒自杀
28.黑胡子（死亡）
黑衣组织中的药物研发成员，散播病毒任务失败后遭琴酒处决