1. 新一ⅹ琴酒
【那位先生】
黑衣组织的首领。被组织成员呼为“那位先生”，除此之外一切信息不明。
朗姆Rum
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别及外貌均不明，装有一只义眼，真实身份在黑田兵卫、若狭留美、胁田兼则三人之中。
【琴酒（Gin）】黑衣组织的干部。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。给新一灌下毒药使其身体变小的罪魁祸首。
【伏特加】 经常跟随在琴酒身边的黑衣组织成员。
【贝尔摩得（苦艾酒）】 真实身份为美国的大明星莎朗·温亚德，诈死后将身份转换为自己的女儿克莉丝。曾经试图追杀叛离组织的雪莉（灰原哀）。精于变装。由于在纽约受过新一和小兰的救命之恩，因此一直刻意保护两人。
【基安蒂】 组织的狙击手。很讨厌苦艾酒。
【科恩】 组织的狙击手。
【龙舌兰】 身材高大的关西大汉。后来被卷入某起案件而被炸死。
【匹斯可】 本名枡山宪三。曾经一度掌握了雪莉的所在，但后来由于射杀吞口议员的画面被拍下，而遭琴酒灭口。
【宫野明美】 宫野志保（灰原哀）的姐姐。组织的基层人员，为了让自己和妹妹脱离组织而参与了10亿元抢劫，但后来组织却出尔反尔，明美也被琴酒所杀。曾经和潜入组织卧底的赤井秀一交往。
【宫野厚司】 科学家，明美和志保的父亲。由于不明原因死亡。
【宫野爱琳娜】 明美和志保的母亲。由于不明原因死亡。
要说灰原哀（宫野志保，代号雪莉Sherry）也算成员一个，现在论剧情应该不算了。
波本（Bourbon）：
本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”（Bourbon）。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。
基尔Kir
CIA卧底，真名本堂瑛海，化名水无怜奈，曾被FBI误擒，现已回到组织继续任务。
卡尔瓦多斯Calvados（死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪和狙击枪。因迷恋贝尔摩德而参与到贝尔摩德与FBI的对决中，被赤井秀一打断双腿，在被带走调查前自杀身亡。
爱尔兰 Irish（死亡）
剧场版第13弹《漆黑的追踪者》中登场。他发现了柯南的真正身份，任务失败后，以自己的生命保护柯南，被基安蒂枪杀。
库拉索Curacao（脱离组织）
黑衣组织二号人物的心腹，《纯黑的噩梦》中的主要角色之一。黑衣组织的重要成员，拥有双色瞳（虹膜异色症），左眼蓝色，右眼透明（虹膜与巩膜颜色相近），具有超强的记忆能力，失忆后偶遇少年侦探团，恢复记忆后背叛了组织，目前生死待定。
2. 琴酒和新一的关系
全称是APTX4869。
APTX4869是日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的神秘药物，首次出现是在第一集中由黑衣组织成员琴酒给工藤新一灌下。黑衣组织成员宫野志保（代号雪莉，即灰原哀）继承父母的成果研制而成。
APTX4869研发的目的大致推测为逆转时光，其试验期产品带有毒性，可以杀人于无形，偶发作用下会使服药者的身体恢复成幼年。工藤新一、宫野志保和赤井玛丽（即“领域外的妹妹”）均因服用此药而身体缩小。除这三人外，此药其他的已知服用者都因服用此药而死亡。
3. 新一×琴酒
雪莉喜欢工藤新一。
工藤新一，日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的男主角，17岁的高中生侦探，就读于帝丹高中二年级B班，人称“平成年代的福尔摩斯”。
4. 新一琴酒你别想逃
柯南被琴酒绑架关在笼子里。柯南的原名是工藤新一。他和小兰在游乐园遇到了黑衣人组织琴酒和伏特加。为了打败黑衣人，他跟踪琴酒来到了摩天轮下面。在被琴酒发现后。柯南吃下的毒药。从而被黑衣组织绑架并且遇到了毛利小五郎。
5. 琴酒与新一的小说
工藤新一变小成为柯南的药叫APTX4869。
APTX4869是日本漫画《名侦探柯南》及其衍生作品中的神秘药物，首次出现是在第一集中由黑衣组织琴酒给工藤新一灌下。黑衣组织成员宫野志保（代号雪莉，即灰原哀）继承父母的成果研制而成。
APTX4869研发的目的大致推测为逆转时光，其试验期产品带有毒性，可以杀人于无形，偶发作用下会使服药者的身体恢复成幼年。工藤新一、宫野志保、贝尔摩德（沙朗）和赤井玛丽（即“领域外的妹妹”）均因服用此药而身体缩小。
6. 新一与琴酒
名侦探柯南中世良真纯并非在男女感情上喜欢新一。
世良真纯曾经在十年前在海滩上见到过新一，因为新一是第一个在她面前逗笑秀一的人所以称他是魔法师。
而后工藤新一被琴酒灌下药物变小化名成柯南，世良真纯和玛丽在电视上看到柯南后经过调查确认工藤新一就是柯南。世良真纯对新一的感情是敬佩，也是希望能够与他进行合作，但并不在喜欢这个范畴。