1. 琴酒救基尔
面带伤疤的赤井秀一“复活”，引起了FBI、黑衣组织、柯南、世良真纯等多方势力的注意：茱蒂、世良等人认为是他是真正的赤井;柯南听到“伤疤赤井”出现时大感惊讶;TV 579-581中琴酒因得知“伤疤赤井”出现而怀疑基尔，准备狙击“伤疤赤井”和证实秀一未死时杀死基尔。但最后在贝尔摩德传达的Boss的命令下，琴酒明白伤疤赤井为波本假扮，并下令撤退。
2. 琴酒害怕谁
是琴酒，就是灰原哀无法忘掉的人，他是灰原哀的仇人，灰原对他有着仇恨，但是也十分的害怕他。在某些时候，很多的动漫迷们也都会联想到，宫野志保的裸背画面，作为画面之中的联想人，琴酒就可能有着一些非分之想了，或许也已经得逞了，所以说，初吻献给了琴酒也是有可能的。
3. 琴酒的对手
由于身处组织，两人一定少不了交集，但并非是恋爱。因为琴酒曾经问过雪莉自己喜欢哪一种男人，如果两人真有不一般的关系，没必要问这句话。而对于雪莉来说，更大的可能是琴酒给她的心理上折磨，比如刚进组织的一些特殊测试。
二人关系其实很大程度上就是琴酒的变态单相思，可能他曾经想要得到雪莉，雪莉只是在畏惧逃避罢了。
4. 基尔和琴酒
不是冲失昴，原本叫赤井秀一，有一集基尔(水无怜奈)被琴酒安排了击杀赤井秀一任务 ，因为尸体被换成了楠田陆道，后来为了让黑衣组织相信自己真的死了，就假扮成高中生学生冲矢昴，并且暗中保护自己的妹妹世良真纯，另一边则调查17年前的羽田浩司案。
5. 琴酒喜欢基尔
第一位：波本本名降谷零 ，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底 ，组织代号“波本” 由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
第二位：基尔真名本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号“基尔（Kir）”。曾于一次暗杀行动中遭遇车祸昏迷，受到FBI保护。之后在FBI的协助下重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
第三位：伊森·本堂是本堂瑛海（化名水无怜奈）和本堂瑛祐的亲生父亲，同为CIA的谍报员，后潜入黑衣组织进行卧底调查工作，于四年前为掩护同是黑衣组织卧底女儿基尔的身份自杀身亡。
第四位：黑麦威士忌充满神秘感的FBI搜查官
6. 琴酒救基尔是第几集
第1集云霄飞车杀人事件
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
第128集黑暗组织10亿元抢劫事件
小五郎他们去银行，柯南看到了抢劫运钞车的强盗，强盗逃走了。然后，在河边发现了逃走的车子。有疑问的柯南去了银行职员广田雅美的家。
第129集来自黑暗组织的女子
柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影……。那个组织的真面目到底是？然后，博士，灰原和柯南去广田教授家拿软盘，可是……
第176集与黑暗组织的再会（灰原篇）
柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……！柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。
第177集与黑暗组织的再会（柯南篇）
柯南和小哀去了杯户城市酒店。杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会上发生了杀人事件
第178集与黑暗组织的再会（解决篇）
柯南找到犯人的线索。但是混杂在人群中的小哀被什么人带走了！回到原来雪莉的身体的小哀，琴酒和伏特加来到了关她的房间，她从壁炉的烟囱里想办法逃了出来……。柯南分析出了皮斯可的真面目，为了救出小哀跑向关她的房间，然后皮斯可出现了。
第230集谜样的乘客1（这两集是有贝尔摩德出现，不算对决吧）
GIN与VODKA在密谈，然后又来了VERMONT。博士与少年侦探团坐巴士汽车去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出医生、朱蒂老师一同上车
第231集谜样的乘客2
突然灰原开始颤抖……这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。灰原还在巴士中……
第286集工藤新一NewYork事件1同上面“()”
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集工藤新一NewYork事件2
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集工藤新一NewYork事件3
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
第309集和黑暗组织的再会（交涉篇）
系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。
第310集和黑暗组织的再会（追击篇）
板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。
第311集和黑暗组织的再会（决死篇）
柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。
第338集4台保时捷1同上面“()”
柯南和阿笠博士带发烧的哀去东都百货附近的诊所。在地下停车场与4台保时捷车主相识。他们同乘一部车去打高尔夫球。但是其中有一个人喝醉了，其他人去了百货商店。随即这个喝醉酒男子的尸体被发现。柯南阿笠博士带着发烧的小哀去医院方向，在东都百货的地下停车场遭遇杀人事件。
第339集4台保时捷2
被害者是乘保时捷打高尔夫球回来途中的其中一人。目暮警部分别调查3人，事件发生时的不在场证明成立，3个人的保时捷车内照片被柯南发现…
340厕所隐藏的秘密（前篇）（和黑暗组织有关但不大）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
341厕所隐藏的秘密（后篇）
柯南、哀和阿笠博士一起去儿时朋友出岛的家。但是出岛却被什么人给毒杀了。哀认为是黑暗组织干的而感到不安。柯南却予以否定。认为是出岛的设计事物所里工作的设计师所犯下的案件。
第345集与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
第425集被组织的魔掌触碰的瞬间
小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理…
第462集黑暗组织的影子年幼的目击者（这四集还是和黑暗组织有关而已）
本堂瑛佑来到毛利侦探事务所。忽然，柯南注意到自己看过的漫画杂志上有关著名音乐家－板垣ROCK的报道。兰也想起了ROCK的歌迷园子所说的话。当时园子认为，ROCK出道不足1年便中途隐退、一定是有原因的。
不久，柱谷及其儿子阿巧来到了事务所。而且，阿巧竟然说他亲眼目睹了ROCK从桥上坠落……。
第463集黑暗组织的影子奇妙的照明
一听说是在堤无津川发现著名音乐家板垣ROCK的尸体的，柯南等人与目击者阿巧急忙赶往现场。可是，阿巧已经记不清是在杯户新桥、杯户中央桥、还是杯户大桥，因此众人难以展开搜查。
后来，阿巧说他记得那名男子的手臂上刻着印度时代的乐队的记号。于是，柯南等人立即前往ROCK的歌迷刺青的商店……。
第464集黑暗组织的影子谜样的高额报酬
早晨，小五郎、柯南、小兰、本堂瑛佑来到楼下的波洛咖啡馆。本堂说在一个个人主页的站长日记中，发现了一件类似福尔摩斯的小说《红发联盟》中的事件。日记上写着这是一件会有很高报酬的工作。
工作只是一件与垃圾回收有些关联的事情，但是每次可以得到5万日元的回报。柯南等人认为这项工作存在很多疑点，决定前往放置垃圾的场所一探究竟…。
第465集黑暗组织的影子珍珠的流星
在垃圾场附近发生了枪杀事件。受害者是住在附近的船本兼世。由于有贵重金属丢失，警方认为抢劫的目的很明确。但是，被害人的儿子透司说是由于母亲说出了交通事故的真相，所以被杀人灭口了。透司是水无怜奈那起交通事故的目击者。但是，柯南用别的事情替换掉了不能让目暮等人了解的事故真相。此后，柯南等人离开事件现场，前往受害人兼世的家…。
第492集红与黑的碰撞开始
柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。
第493集红与黑的碰撞血缘
柯南他们拿出了本堂的姐姐的照片，庵野说很像怜奈年轻时候的样子。庵野还特地确认了以前的录像带，录像带的内容是工厂爆炸事故的新闻报道。因为需要输血，护士在寻找AB型血的人，此时，怜奈出现在屏幕中，称自己是AB型血。于是，本堂说怜奈不是自己的姐姐。此时，柯南想起本堂曾经说过他的血可以输给任意其他人的事情...
第494集红与黑的碰撞绝叫
奥平角藏委托小五郎调查1年前儿子锻吾不幸身亡的事件，他认为凶手就是家中的某个人。事件发生的当天晚上19点到24点，角藏和妻子咏子、佣人菊代、管家濑川一起在房间里观看录像带。就在这段时间里，儿子锻吾溺死在家中的池子里。死亡时间推定为晚上21点到22点。听了奥平角藏的叙述，小五郎认为凶手不可能是家里的人…。
第495集红与黑的碰撞冥土
上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。
第496集红与黑的碰撞昏睡
柯南跟灰原说，本堂瑛佑的姐姐不是水无怜奈。回家后，柯南从兰那里得知，进入寒假后本堂就不见了。而寒假前，本堂曾经跟兰说过，在杯户中央医院找到了水无怜奈的线索。柯南认为本堂已经知道了水无怜奈住入的医院了。可是，本堂说的线索，是关于他父亲的，他似乎找到了他父亲公司里的同事…。
第497集红与黑的碰撞侵入
杯户中央医院的护士告诉柯南，本堂瑛佑曾经在另一家医院做过大手术。本堂得的好像是白血病，在举家搬迁到大阪前，在医院里做了手术。之后，FBI的詹姆斯报告说，已经查出了3位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这3个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。
第498集红与黑的撞击搅乱银色子弹的怒吼赌上侦探之名的决意
几乎是在同时，医院附近发生了集体食物中毒、异味气体泄漏、火灾3件突发事件。那时，医院里又收到了寄给詹姆斯的快递。寄件人竟然是与黑衣组织相关的、已经自杀的楠田！包裹里是一个洋牡丹的盆栽植物。之后，3件突发事件中受伤的病人涌入医院，造成守在门口的FBI成员无法一一确认身份，一片混乱。此时，赤井发现了设置在盆栽中的炸弹…。
499红与黑的撞击伪装
60多个伪装成看望病人的礼品的炸弹，被黑衣组织送进了杯户中央医院。FBI搜查官们不得不在各个病房中回收炸弹，这时，病房里的电视节目中出现了身着病服的水无怜奈的画面。大吃一惊的FBI搜查官们一同赶往了水无怜奈的病房，发现她好好地躺在病床上。原来，电视里播放的画面是用以前的图像合成的。黑衣组织通过炸弹上装的发信装置，确定了水无怜奈病房的位置。詹姆斯察觉到中了黑衣组织的计谋，决定实行最后一套方案…。
500红与黑的撞击遗言
FBI兵分3路，企图将基尔（水无怜奈）带出医院。琴酒准确地判断出基尔（水无怜奈）在3号车上，并追踪而去。3号车的司机卡梅尔想要甩开组织的跟踪，撞上了路边的栏杆。水无怜奈突然出现在副驾驶座上，千钧一发之际，3号车突然爆炸了…！？
501红与黑的撞击嫌疑
柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起去新米花宾馆吃自助餐。途中，柯南跟灰原说起了这次的事情。到达宾馆后，柯南他们发现高木刑警也开着巡逻警车来了。据说，在宾馆发生了杀人事件。被害人是位于宾馆39楼的艺人事务所所长，好像是秘书发现了上半身中了好几枪的所长…。
502红与黑的撞击洁白
嫌疑犯是托比?凯3/2假面戏剧中隐藏的恶意
2/23真凶送来的礼物
2/16讨厌的蓝色火花（后篇）
恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。
503红与黑的撞击决死
须内的被杀事件，调查工作一度没有进展，随着时间的推移，嫌疑犯哈尔?巴库纳和秘书率先获得了自由，回到自己的工作岗位，托比对此无法理解。
之后，柯南发现了犯人拿走备忘录的原因，并跟目暮警官说自己知道了识别出犯人的办法。这个办法就是准备好4把椅子，然后念出一句咒语，犯人就会自动现身。
目暮警官让4位嫌疑犯集合在一个房间里，并让他们站在4把椅子前，对他们念出了那句咒语......
504红与黑的撞击殉职
赤井秀一和基尔按照约定在来叶崖碰头。之后，基尔用手枪射穿了赤井的肺部。通过监控关注事态发展的琴酒对基尔下命令，要她彻底解决赤井秀一。基尔再次将枪对准了赤井的头部，并开枪射击。由于远处传来警车的鸣笛声，基尔在赤井的尸体旁放置了炸弹之后，便驾车离去。当警车就要靠近赤井的车的时候，炸弹爆炸了......
剧场版
通往天国的倒计时
终于那些家伙全员出动，看不见出口的杀人游戏，现在，终于开始……危险的陷阱让时间陷入停止。那些黑衣人的背后拥有凶恶的阴谋，这些家伙目的到底为何？？而且，灰原哀真正的真面目有是如何呢？雪莉在电话中说：“任务已进行完毕。”以地面上300公尺的摩天大楼为死亡舞台，魔鬼般的手正在暗处悄悄伸向柯南！……
柯南一行人及高木老弟前往超高层摩天大楼参加落成典礼，另一方面，大概知道叛徒雪莉还活著现身在这典礼上，黑衣组织全员出动，在这典礼上杀害数条人命，同时命令伏特加暗中地进行另一项破坏计画，那就是将这大楼给炸毁,不留活口。在一栋300层的双摩天大楼里，伏特加引爆大楼里的变电器，使得整栋大楼大停电，引起大家的恐慌，纷纷透过空中走廊逃往隔壁大楼避难，唯独小兰困在该大楼而没逃出来，空中走廊被爆炸的威力给炸断，但又必须救出小兰，因此柯南利用他的滑板飞越这天际到爆炸的大楼里，成功地将小兰给救出，但走廊炸断了，滑板也无法让两人成功地飞越这天际，小兰便想到利用蹦极的方法带著柯南从高处往下跳……