首先，纠正几个点：
不是音标会有美式和英式发音不同，而是部分单词的发音规则会有差异。因为不论是IPA还是DJ，都是只是用来标记发音的语音符号，不论是英式发音还是美式，甚至是非洲口音，都是可以用音标体系来标记。
一些基本概念
「IPA」
-国际音标体系，可以用来标记不仅仅英语，而且是【世界语言】
DJ音标
-DJ是著名语音学家 Daniel Jones名字首字母的缩写， 首次出现在他的《English Pronouncing Dictionary》（这部词典是划时代的著作，是第一部精确描述英语发音的词典）。DJ 音标也是我们最为熟悉的体系，因为被国内中学课本，以及经典教材《新概念英语》所用
而 KK 音标
是 John Samuel Kenyon 与 Thomas A. Knott 以「Kenyon and Knott」联名编写的《A Pronouncing Dictionary of American English》 中使用的类 IPA 系统。多为台湾的英语语音教材使用（赖世雄的音标课程就是用的KK音标体系）
因为常用 DJ 音标
标注英式发音，许多人误以为 DJ 音标（或者很多书上直接说「IPA」或「国际音标」）是专门用于英式英语的音标。其实，DJ 音标只是最初用于英式英语发音（Received Pronunciation），因为它相当严谨，后来很容易就拓展到了标注美式英语发音（General American）。
KK 音标
是常见的用于标注美式英语发音的音标系统，它总体还是和 IPA 一致，但为美式英语简化了好几个音的标注方式，还有一些符号书写也变了（包括 DJ 音标的 /r/ 和 /ʌ/），所以我们经常都不认为它是 IPA 了。比如：
用 /e/ 代替 IPA 一般选用的 [eɪ]，/o/ 代替 [oʊ]：因为对英语来说确实没有必要把这两个双元音写清楚，只要和其他元音区分开就可以了；而且美式英语里这两个双元音的首尾比英式英语更接近，也就是更像单元音；
基本不为元音附加长音记号：DJ 音标细致描述音质和音长差异的 [ɪ] 和 [iː] 对立，对应着仅描述音质差异的 /ɪ/ 和 /i/，而 [ʊ] 和 [uː] 对应 /ᴜ/（这个符号也从倒着的小型 Ω 改成了小型 U）和 /u/；
使用 /ɚ/ 这个记号：英式英语没有这个卷舌的 [ə]，在同样的位置一般就是 [ə]；
没有 /ɒ/：美式英语没有这个音，它并入了 /ɑ/，所谓 father–bother merger；
把 IPA 的强音和次强音记号斜着写；
回到问题上来，简单来说，
DJ 音标只是最初用于英式英语发音，但不排除有用D
J来标记美音的情况。
不过
确实 DJ 音标常标英音，而 KK 音标常标美音。
很多时候，一个词的 DJ 音标和 KK 音标差异不仅在于音标的符号本身，也在于英式和美式发音。 比如（第一个是 DJ 音标，第二个是 KK 音标）：
pat
/pæt/ /pæt/（无显著差异）
pace
/peɪs/ /pes/（主要是符号选用不同，实际发音也可能有一点差别, 美音中发音双元音没有英音那么明显
path
/pɑːθ/ /pæθ/（纯粹是英美发音差异导致了音标不同：英音发长音a，美音发梅花音）
类似pace，还可以可以看make
这单词
如果标记为/mek/，则为 KK ，如果标记为/meik / 则为DJ
举个栗子
bed
/bed/ BrE，/ɛ/ AmrE
发音相同，只是标记符号不同而已，
流利说的口语发音教练课程里面把bed，以用/ɛ/标记/e/
原因是：赖世雄美语采用KK音标中/e/=/ei/, 该课程也在流利说里面出现，为了避免混淆，所以口语发音教练课程采用了/ɛ/标记/e/